廣明元年（公元881年）十二月十三日，黃巢在長安稱帝，建立了大齊政權。之后，成天子的黃巢開始過上了花天酒地、奢靡腐化的生活。

因為黃巢的大斂財大屠殺大享樂使得民心喪失，對此，長安城里出現了譏諷詩。而黃巢知道后怒發沖冠，命人嚴查此事，結果沒有查出個所以然來。但黃巢余怒末消，于是他把罪責遷怒到儒生身上，竟然屠殺了長安城中三千多無辜的儒生。

長此一往，長安街道，血流成河。在這次大屠殺中，長安城所有的男人幾乎都被屠殺殆盡。

據《新唐書》記載，在這場屠殺的人馬超過八萬。

就在黃巢屠城時，黃巢命運中的克星也出現了，他的名字叫：李克用。

李克用和唐朝的關系是若即若離。“招安”后的李克用也開始盡忠，他帶領沙陀兵開始與黃巢軍作戰。天不怕地不怕的黃巢聽聞后，膽顫心驚地說了10個字：鴉軍至矣，我等應避其鋒。

李克用也因為戰功被朝廷封為東北面行營都統，成了長安一帶各路唐軍的“總指揮長”。中和三年（公元883年）正月，李克用部將李存貞敗黃巢之弟黃揆于沙苑，取得開年大捷。隨及，李克用乘勝追擊，進軍乾干坑，與河中節度使王重榮、義成節度使王處存、忠武（許州）節度使周岌三軍會合，形成了強大的“鐵三角”組合。

而黃巢也傾其力于一股，派出了麾下最得力的干將尚讓、趙璋、王璠、林言等“四劍客”率十五萬義軍出戰，結果雙方在梁田陂進行了大決戰。經過一天一夜的激戰，結果是黃巢軍大敗，橫尸三十里，死傷慘重。

之后，黃巢為了挽回頹勢，派王璠和黃揆轉取華州。李克用聽聞后，毅然出兵華州。黃巢于是決定在華州和李克用再次進行大決戰，馬上派尚讓增援華州，結果被被王重榮王處存于路途設伏，大敗于零口。

切斷了黃巢的外援，李克用一鼓作氣地攻克了華州。

起義軍接連失敗，又缺乏糧草，黃巢的義軍在“內患”時，“外患”也無窮，唐軍其他各路人馬紛紛向長安進圍。

黃巢知道長安已難以堅守，只好退出長安，開始了流竄之路。黃巢倚以重任的先鋒孟楷沒卻在陳州陣亡。

痛失愛將，黃巢悲痛欲絕，親率大軍圍攻陳州，誓要以滿城軍民的血為孟楷報仇。

義軍勢大，陳州唐軍見了心生畏懼，陳州守將趙犨親自巡視全城、為士民加油鼓勁，多次引兵開城門出戰，以鼓舞士氣。但雙方的實力還是相差太大，要想長久堅守下去顯然是不可能。唯一的辦法就是四處求援。

結果附件的唐軍來援時都被黃巢的大軍打敗，唐軍只能期待李克用的“飛虎隊”了。

接到求援信后，李克用表現了良好的職業素質，他二話不說，率領五萬大軍揮師南下，前去陳州增援。

此時黃巢已經圍困陳州近一年時間，雙方交戰300余場，但頑強的趙犨硬是率唐軍堅守城池不失。

而隨著李克用來的到，局勢很快發生了改變。黃巢的軍隊和其交鋒再次大敗，其手下將領尚讓、葛從周、楊能、霍存、張歸霸、張歸厚、張歸余等人都選擇了投降。黃巢無奈之下只好放棄圍攻陳州，而改為渡過汴河向北流竄。

而李克用可不是那么糊弄的，他率領鐵騎展開了猛追，不給黃巢喘息的機會。結果雙方在汴州展開了生死大戰。結果黃巢軍再次大敗。

屋漏偏遇連天雨，船破偏遇頂頭風。此時又正逢天降暴雨，義軍人心渙散，如一盤散沙地選擇了四處逃散。黃巢最終只帶了一千多“幸存者”向山東逃竄。結果沿途又被武寧節度使時溥“迎頭痛擊”，黃巢慌亂之中逃往了泰山狼虎谷。

此后黃巢再也沒有出谷了，而他是如何終老的也因此成了一個千古之謎。

關于黃巢下落，主要有三種說法。

第一種說法：被殺。

據《舊唐書·黃巢傳》中有關黃巢死因的記述是這樣的：“巢將林言斬巢及二弟鄴、揆等七人首，并妻子皆送徐州”。按這段推斷，黃巢兵敗后看到生還無望，為了保存反唐血脈，便讓他的外甥林言把自己殺掉。要知道林言不但是黃巢的外甥，還是黃巢身邊的禁衛隊首領，可以說是黃巢最親密的人，林言拿著黃巢的首級去投唐請功，不但可以讓親人保全下來，還可換來他下半生的榮華富貴，甚至給其后人東山再起創造機會。

林言最后揮淚斬下黃巢的首級去降唐軍，不料中途遇到沙陀人，沙陀人求功心切遂將林言也殺了，將兩人的首級一同獻給唐軍。

第二種說法：自殺。

《新唐書》對于黃巢的死記載和《舊唐書》截然不同。黃巢兵敗狼虎谷后，他見大勢己去，又不想成為唐軍的俘虜，悲觀絕望之下，他選擇了自刎而死。

第三種說法：出家。

到了宋朝時，關于黃巢下落有新的說法，那就是黃巢當時沒有被殺死，而是采取了瞞天過海之計，找了個替身替自己死去，以迷惑眾人。

俗話說：小隱隱于野，中隱隱于市，大隱隱于朝。而燈下黑的黃巢則選擇了“中隱隱于市”——趁溜到洛陽去了。傳說黃巢在洛陽平安地住了幾年后，才選擇向東南而行，半年后，他選擇了在浙江寧波一所叫“雪竇寺”的寺廟“棲身”，每天研習佛法，后來當上了住持，數址年后安死于寺廟，后葬于寺前含珠林。并且有詩為證：三十年前草上飛，鐵衣著盡著僧衣。

而關于黃巢究竟是怎么死的，目前還沒有定論，期待真相大白的那一天。