朱元璋坐穩皇帝后，他將自己的兒子分封在了各地，讓他們去鎮守大明邊疆，監察御史陳懷義站出來反對，說晉朝的八王之亂，漢朝的七王之亂等，都是因分封藩王而引起的內亂，所以他建議朱元璋吸取前朝的教訓，不要分封藩王，陳懷義的話激怒了朱元璋，他讓人將陳懷義摔死了。

朱元璋不信任大臣，他稱帝后，殺掉了很多功臣，但他很信任自己的親人，他不認為自己的兒子會造反，奪老朱家的江山。晚年的時候，朱元璋還對朱允炆說：“我已經安排你的幾個叔叔替你鎮守邊疆，你可以安心做一個太平天子了。”但朱允炆比朱元璋要清醒得多，他問朱元璋：“外敵有叔叔們對付，如果叔叔們造反，該由誰來對付呢？”這讓朱元璋陷入了沉默。

朱元璋不相信，自己的兒子會造自己的反，他們也沒膽量造自己的反，但是朱元璋意識到，他們可能會造自己孫子朱允炆的反。自己活著的時候，他的兒子朱棣，就很不尊重儲君朱允炆，在朱允炆面前十分放肆，他去世后，保不齊朱棣等藩王，就會起兵造反，爭奪朱允炆的皇位。

朱元璋是個殘忍嗜殺之人，他可以殺掉欺壓百姓的貪官污吏，也可以殺掉功高蓋主的開國元勛，但虎毒不食子，他對自己的兒子們，是怎么也下不了手的，即便他們對朱允炆有威脅，朱元璋也不忍心殺掉他們，所以朱元璋臨死前，給孫子留下一名將，讓他替朱允炆防備朱棣等藩王。

朱元璋留下的這位名將，就是耿炳文。

朱元璋手下有很多名將，如徐達、常遇春、李文忠、鄧愈、馮勝、湯和、沫英、藍玉等，耿炳文與他們相比，要遜色不少，但朱元璋得到天下后，不信任手下將領，除了徐達、常遇春等名將，很早病逝之外，藍玉等將領，又被朱元璋給殺掉了，這讓朱元璋能留給孫子的將領很少。

朱元璋之所以殺掉藍玉等將領，是因為他們不但功高蓋主，還張揚跋扈，威脅皇權。同時，藍玉等人，還是手握重兵、能征善戰的猛將，只要他們造反，就有可能奪取老朱家的江山，朱元璋為了以絕后患，選擇將他們殺掉。朱元璋不擔心耿炳文。首先，耿炳文的功勛、威望遠比不上藍玉等名將，他威脅不到皇權。其次，耿炳文擅長防守，不擅長進攻，要想奪取天下，就要進攻，只防守不進攻，是奪不了天下的，所以朱元璋很放心耿炳文，將他留給了朱允炆。

建文帝即位之后，由于天下的藩王實力太過強大，讓他感到隱隱不安，所以他效仿漢景帝等皇帝，開始削藩。建文帝的削藩非常絕情，多位藩王被他剝奪了封地和爵位，貶為庶民，并軟禁了起來。這種將藩王弄著一無所有的削藩政策，引起了燕王朱棣的不滿，他選擇了起兵造反。

朱棣造反之后，建文帝重用老將耿炳文，給了他13萬大軍，號稱30萬，去攻打朱棣。燕王朱棣，由于肩負著北方防御蒙古的重任，所以他手下，大約有10萬兵力，兩人兵力相差不大。

雖然耿炳文的兵馬要略多于朱棣，但耿炳文的13萬兵馬，是臨時湊并起來的，他們和耿炳文是“將不熟兵，兵不熟將”，戰斗力一般，朱棣的十萬大軍，是他的親兵，這些將士，經常跟隨朱棣北上征討蒙古，不但對朱棣忠心耿耿，而且還以騎兵為主，個個身經百戰，戰斗力很強。

耿炳文兵馬的戰斗力比不上朱棣。同時，耿炳文自身的謀略，也比不上朱棣，朱棣是當時大明最能征善戰的猛將，即便是精銳的蒙古騎兵，也多次慘敗于朱棣之手，讓不擅長進攻的耿炳文，去征討謀略出眾，很會打仗的朱棣，結局可想而知，他最后慘敗給了朱棣，被迫撤回到城中。

耿炳文退守到城內之后，就開始了防御戰。進攻是朱棣的強項，防守是耿炳文的強項，退守到城中防守的耿炳文，朱棣奈何不了他，朱棣親率大軍去攻打耿炳文鎮守的城池，數月苦攻不下。

起兵造反，是誅九族的重罪，士兵本身就人心惶惶、軍心不穩，如果叛軍長時間難以取勝，很容易出現“一鼓作氣，再而衰，三而竭”的情況，會沉重打擊起義軍的士氣，讓他們軍心不穩，開始崩潰，那時候，他們離敗亡就不遠了。如果讓耿炳文防守下去，朱棣離敗亡就不遠了。

可惜，建文帝不會用耿炳文。耿炳文兵敗之后，他沒有讓耿炳文死守城池，將功抵罪，而是將他撤換了，改用李景隆為將，讓李景隆率50萬大軍攻打朱棣，這也導致建文帝輸掉了靖難之役。