漢和帝劉肇執政時間只有17年，自己真正親政13年，時間太短，加上他重用宦官，史書上說“宦官用權自此始矣。把宦官專權亂政的原因都算到他身上，劉肇成了背鍋俠，再說他應該算是個守成之君，故后人很少提及。漢和帝劉肇即位時只有十歲，尊漢章帝的皇后竇氏為皇太后，可他不是竇太后親生的，他的母親梁貴人還是被竇太后害死的。因為年紀小，竇太后替他臨朝，可這皇帝不是自己親生的，竇太后不放心，就重用自己娘家人，讓自己的哥哥竇憲執掌大權，竇憲的幾個兄弟也都做了大官，竇憲曾經派人刺殺了漢和帝的伯父劉暢，

竇太后也沒處置他，還拜他為車騎將軍去攻打北匈奴，竇憲在漠北打了個大勝仗，俘虜和投降的匈奴有二十萬人，他得瑟得別提了，讓中護衛班固寫一篇頌揚他的文章。刻在山石上，下令班師回朝。回到洛陽竇太后拜竇憲為大將軍。給他兩萬戶封地，叫他駐扎在涼州，竇憲的三個兄弟都封了侯。加上他們的子弟，心腹都升了官，各地的刺史、郡守、縣令，很多都是竇家門里出來的，他們無法無天，誰不聽他們的就整誰，朝廷上除了司徒丁鴻，司空任隗，尚書韓棱，幾乎清一色是竇憲一黨，這伙人都把竇家當靠山，

互相勾結，準備造反擁護竇憲做皇帝。漢和帝這時候十四歲，年紀雖小，心眼挺多。看出這伙人有謀反的苗頭，想召丁鴻等人入宮商議辦法，可是里里外外都是竇憲的人，沒辦法只能找服侍他的宦官鄭眾商量，鄭眾給他出了個主意。于是漢和帝叫鄭眾暗地里聯絡司徒丁鴻、司空任隗他們做好準備。下詔書到涼州讓大將軍竇憲回到朝廷輔助皇帝，竇憲正想回到京師，成全大事。就帶著大軍回到洛陽，竇憲把軍隊駐扎在城外，自己進了城，他決定在家里休息一夜，第二天見皇上，就在這個時候，漢和帝和鄭眾到了北宮，

吩咐丁鴻派兵關上城門，并派人把竇憲女婿郭舉等親信全部捉拿，竇憲還在將軍府睡覺，丁鴻帶著衛兵，已經把將軍府包圍了，漢和帝的使者宣讀詔書“免去竇憲大將軍之職，改封冠軍侯。立刻離開將軍府回到自己的封地，他的幾個兄弟也一樣被免職分頭回自己的封地，竇憲兄弟四人，剛回到封地，漢和帝的詔令到，只免去竇環的罪，其余三個賜自盡。竇太后沒幾年也害病死了。掃平外戚竇氏的勢力后，劉肇開始親理政事，每日臨朝聽政，深夜批閱奏章，從不荒怠政事，他減免賦稅，安置流民，多次賑濟災民，招賢納士刑法寬松，使國力大盛，時人稱之為永元之隆

劉肇親政期間先后平定了南北匈奴、武陵蠻、西羌的叛亂，永元六年（94年）西域都護班超大破焉耆、尉犁，西域降附者五十余國。四夷賓服。班超馳騁于西域三十多年，他聽說西方還有個大國叫大秦（羅馬帝國）就派助手甘英為使者，帶著隨從禮物去聯絡大秦，甘英到了條支（敘利亞一代）受到當地人的歡迎。條支國的都城建在山上，周圍四十多里，西面是大海，那地方總有獅子犀牛等猛獸出沒，走陸路不安全，甘英打算乘船去，有個安息人（伊朗一帶）的船夫說“還是別去了，海上風浪大，行船及其危險，

就算順風順水，也得三個月工夫才能到，風向不順兩年也到不了。要到大秦去船上要裝三年的糧食。甘英謝過那個安息船夫回來把經過報告了班超，這次出使雖未到達大秦，但增進了中國人當時對中亞各國的了解。永元十七年（公元105）漢和帝大赦天下，改元元興。這一年蔡倫向漢和帝獻紙，蔡倫將造紙的方法寫成奏折，連同紙張呈獻漢和帝，得到漢和帝的贊賞，便詔令天下朝廷內外使用并推廣，朝廷各官署、全國各地都視作奇跡。人們把這種紙稱為“蔡侯紙。同年十二月，漢和帝劉肇死，少子劉隆即皇帝位。