六扇門和錦衣衛的成立時間不同、工作內容不同、機構也不同。

成立時間不同：

六扇門最初成立于唐朝，是三法司衙門的合稱，在明朝萬歷年間，是設立的一個集武林高手、密探、捕快和殺手于一體的秘密組織。而錦衣衛是在洪武十五年設置的，錦衣衛最初的職能是守衛值宿、偵察、逮捕和典詔獄。

工作內容不同：

唐朝的六扇門主要工作是清除隋末的殘余勢力。明朝的六扇門是捕快之中一個特殊的旁支，他們進的了衙門，出的了江湖，主要是接江湖上發生的大案、要案，或者緝拿長期被官府通緝的在逃犯人。

錦衣衛的工作內容是搜集軍政情報，他們擁有更多的權利，無論是平民百姓還是王公大臣，他們都可以自行逮捕、刑訊、處決，不必經過一般司法機構。

機構不同：

六扇門和錦衣衛是兩個不同的機構。六扇門在明清的時候，分別指刑部、大理寺和都察院；而錦衣衛是明朝專有軍政搜集情報機構。