火車上的衛生間若是直通的，可以直接將衛生巾扔到蹲便器中，若不是直通的，要扔到車廂壁上的廢紙箱中，部分火車的衛生間有放置的垃圾桶，也可以扔到垃圾桶中。

乘坐火車時，不管硬座、軟座還是臥鋪，每個車廂中都有相應的衛生間、洗手池，一般在兩節車廂的連接處，方便乘客在乘坐火車時進行大小便。

不同火車的衛生間形式也有很大的區別，有的火車上的衛生間屬于直通形，將廢紙扔進蹲便器后，便會被水流直接沖到鐵軌上，有的屬于封閉式的，若將廢紙扔到蹲便器中便會出現堵塞的情況。

進入衛生間后，要先關閉衛生間的門，然后觀察車廂壁上是否有提示語，一般情況下，如果車廂壁上有廢紙箱，便會有對應的提示語，方便乘客扔廢紙。

很多火車中的衛生間和軌道是相通的，排泄物會直接落到軌道上，為了避免排泄物出現在站臺附近，散發出難聞的氣味，火車進出站的前五分鐘會暫停衛生間的使用。

隨著不斷的發展，動車、高鐵以及部分火車都已經開始使用真空集便器，將糞便收集起來后，會暫時存放在集便器中，等列車到站后再進行統一處理。