如果是煮熟的木耳不可以隔夜吃，營養價值會流失，但不具有毒性，若一直泡在水里的話，隔夜沒有發生變質現象是可以吃的，沒有毒性，不過木耳浸泡的時間不能超過24個小時，如果超過的話則會產生毒性，即便是沒有變質也不能再食用了。

儲存木耳的最好方式是放入冰箱冷藏，最好用保鮮碗密封好，放在溫度3~7度環境下的冰箱保存，這樣能減少細菌和有毒物質的滋生，延長保鮮時間，一般能存放2天左右，前提是沒有發生變質，若發生變質的話就不能繼續食用了。

木耳可以放在水里浸泡，但是浸泡的時間不能太長，否則會大量滋生細菌、霉菌等，從而發生相應的變化，導致木耳腐爛、有異味、黏滑等，甚至會出現青霉素、黃曲霉毒素等有毒物質，如果不小心食用了浸泡太長時間的木耳，則會發生腹瀉、嘔吐等癥狀，應該及時到醫院就診。

食用木耳之前，應該用清水反復清洗幾遍，最好用溫水清洗，能將木耳表面的灰塵和臟東西去除，然后再用沸水焯過2分鐘左右，最后便可進行翻炒或涼拌。