海膽身上唯一能吃的部位是海膽黃，也就是海膽的生殖腺，說白了就是海膽的精巢或卵巢。一般海膽只有5葉海膽黃，它和蟹黃有點類似，都有很高的營養價值。

海膽黃很容易被自身的生物酶分解，放置的時間一久就會出現自己溶解了的現象。所以吃海膽最講究的就是新鮮，新鮮的海膽味道鮮甜，讓人欲罷不能。

除了新鮮開殼的海膽，市場上售賣的類型還有用鹽水浸泡的和木盒裝的。

用鹽水浸的海膽通常裝在塑料盒里。這種保存方法是先把海膽放入膠盒中，然后抽取海水放進去，讓海膽處于和生長環境類似的環境中，最后用保鮮膜或者保鮮袋密封起來。這種包裝的海膽使用的包裝成本比較低，所以海膽的味道也會受到一定的影響。

相對來說木盒裝的海膽就要高級多了，這種包裝是采用了食用級的明礬來浸泡海膽，使得海膽中生物酶的活性降低，而且木質的盒子既能吸收水分又能隔斷外界的溫度，所以可能很大程度上的保持海膽的鮮度。因此日料店都選用木盒裝的海膽。