衛生紙是否有細菌，要看衛生紙在生產過程中有沒有被污染，衛生紙的制作工藝是否科學衛生。不同的企業、不同的產品，衛生紙的干凈程度是不一樣的，所以不能一概而論。

衛生紙，主要是供人們生活日常衛生之用，是人民群眾不可缺少的紙種之一，為了使衛生紙柔軟，通常利用機械方法使紙產生皺紋，增加衛生紙的柔軟度。

制造衛生紙的原料有很多，常用的有棉漿、木漿、竹漿、 草漿等天然無污染的原料，衛生紙的要求是無毒性化學物質、無對皮膚有刺激性的原料、無霉菌病毒性細菌殘留。但是，一些化驗證明，許多衛生紙，尤其是街頭巷尾所賣的非正規廠家生產的衛生紙，消毒做的并不好，即使消毒較好，也會在擺放過程中接觸很多細菌。

衛生紙上面的細菌就是生活中常見的菌類，例如大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、鏈球菌、綠膿桿菌等細菌，經常接觸對身體的傷害比較大。

如果使用了有細菌的衛生紙，可能會造成過敏癥狀，嚴重的甚至會產生皮膚潰爛等癥狀，所以，一旦發現正在使用的衛生紙會造成皮膚泛紅等初級過敏癥狀，就要立刻停用目前正在使用的衛生紙。

此外，好衛生紙的特征是吸水性強、無致病菌、紙質柔軟、厚薄均勻、無孔洞、起皺均勻、色澤一致、不含雜質，如果生產小卷雙層衛生紙時還應打孔節距一致、針孔清晰、易撕、整齊。

在生活中，要選用安全衛生的衛生紙，據有關專家介紹，消費者使用劣質衛生紙，會危害身體健康，特別是婦女兒童，容易引發疾病，消費者在購買紙巾時應仔細辨別、選擇，避免購買含有大量熒光劑、增白劑的劣質紙巾，因為熒光劑被人體吸收后，會成為潛在的致癌因素，長期使用會影響自己和家人的健康。