南瓜是一種過敏原，對南瓜過敏的人不宜吃南瓜粥；南瓜性溫，多吃會助長濕熱，所以胃熱熾盛者、氣滯中滿者、濕熱氣滯者應少吃；同時患有腳氣、黃疸、氣滯濕阻病者也應忌食；患感染性疾病和發熱癥狀者不宜食用南瓜粥，以防病情惡化。

如果對南瓜過敏的人食用了南瓜，很可能會造成皮膚紅腫、經常性腹瀉、消化不良、頭痛、咽喉疼痛、哮喘等過敏癥狀，所以此類人群要避免食用南瓜及南瓜制品。

雖然冬瓜富含多種營養，還可以改善便秘，但是一些胃熱病人應該忌食，因為中醫認為，胃熱病人宜食寒涼性食物，而秋季的南瓜性溫熱，胃熱病人食用南瓜后會加重胃熱，加重病情。

此外，南瓜也不宜經常食用，因為如果把南瓜當成主食，過度食用，會導致南瓜中的β—胡蘿卜素沉積在人體皮膚的表皮角質層中，會出現皮膚變黃的現象。

而且，過多食用南瓜還容易導致脹氣，因為南瓜含有豐富的淀粉、糖類、纖維素等成分，都是容易引起脹氣的食物，如果食用過多的話，就更容易出現脹氣或是加重脹氣的情況。