保存馬蹄可以采用缸藏，就是將馬蹄晾干后放入缸里，將其放置在陰涼干燥處。如果遇到高溫的環境，需要進行通風換氣，若遇到陰天下雨的天氣，則要及時揭蓋排濕。在貯藏過程中，每隔25-30天須將陶缸內貯藏的馬蹄翻動檢查1次，便可保存半年以上。

不建議將馬蹄長期保存，現吃現買最好。新鮮的馬蹄，不進行清洗直接放在冰箱里冷凍，大約能保存10天左右，若清洗去皮保存，大約能保存3天左右。馬蹄能生吃，也能蒸熟了吃，但不可以長期保存下去，會影響食用。

除了以上保存方法之外，還能使用沙藏的方法，就是將馬蹄埋在沙子里，大約5~8厘米的厚度，不斷疊放，保存效果非常不錯。如果采用沙藏，不需要清洗，直接將帶有泥土的馬蹄放進沙子里即可。如果喜歡干凈一點的，保存沒有任何泥土雜質的，可以用溶液保存法保存。

首先，清洗干凈馬蹄，然后將馬蹄貯藏在次氯酸鈉溶液中，正常情況下，大約能保存半年，短時間的話，則能保存幾個月左右。