新鮮的羊肚菌是可以冷凍保存的。將新鮮的羊肚菌放入冰箱的冷凍層內，羊肚菌就會結冰保存，這樣可以讓新鮮的羊肚菌保存一個星期左右。

將新鮮的羊肚菌放入冰箱的冷藏層中，可以保存一到兩天左右，最好是盡快吃完，這樣可以避免羊肚菌變質。

新鮮的羊肚菌還可以曬干保存。將買回來的新鮮的羊肚菌放在陽臺上，晾曬幾天后，就可以裝在塑料袋內保存。

將羊肚菌放在真空袋中，用真空機壓縮處理，擠壓走里面的空氣。真空處理羊肚菌可以保存更久一些，大概兩個星期左右，不過這個期間也要盡快食用。

羊肚菌還可以放在陰涼處保存，最好是不要被光照射到，溫度也不適合太高，這樣保存的羊肚菌，能夠存放一天左右。

羊肚菌還可以用鹽腌制，如果之后要吃，可以直接將其取出來，這個方法保存的羊肚菌，可以放置更長的時間。

烘干保存也是一個不錯的方法。將新鮮的羊肚菌用烘干機烘干保存，之后再放入塑料袋中。