新鮮的羊肚菌要用清水多清洗幾遍，直到將羊肚菌里面的泥沙清除掉。在清洗過程中，可以順著同一個方向輕輕地攪拌、打圈，這樣便可將羊肚菌表面孔內的臟物都清洗出來。

新鮮的羊肚菌不需要進行泡發，只要取一些適量的清水，將羊肚菌放進水里快速打圈并進行清洗，反復2~3次即可。羊肚菌是一種珍貴的食用菌品種，因其菌蓋表面凹凸不平、狀如羊肚而得名，在食用之前，必須清洗干凈才可以。

清洗新鮮的羊肚菌時，不要使用開水，也不能用涼水，應該使用45~50度的溫水，這種溫度既可以使羊肚菌里面的香味散發出來，同時又不會破壞羊肚菌的口感。新鮮的羊肚菌沒有必要浸泡，只有干的羊肚菌才需要泡發。

羊肚菌一般生長在樹林中，其中含有大量的碳水化合物以及水分，很容易滋生細菌而導致腐爛，所以保存的時間比較短。如果羊肚菌的量不是很多，建議在短期內就吃完，若羊肚菌的量比較多，可以將羊肚菌攤放在陰涼干燥處保存，注意避免潮濕、避免陽光直射。