納豆和豆豉的區別主要在于原料不同、狀態不同、味道不同。納豆是以黃豆和納豆菌味為原料制作而成的，豆豉是以黃豆或者黑豆為原料制作成的。納豆具有粘性，攪拌后會出現絲狀物。豆豉的顆粒比較完成、松散，質地比較硬。

納豆的粘性比較大，味道聞起來有點臭，不過吃起來甜甜的。豆豉的味道比較鮮美，咸淡可口，沒有任何苦澀味。由于納豆有一種獨特的味道和氣味，所以很像腐爛的食物，但是可以吃的，若不能接受納豆的口感，就不要食用了。

豆豉的種類比較多，按照加工原料，分為黑豆豉和黃豆豉。如果按照口味的話，可以分為咸豆豉和淡豆豉、水豆豉。豉以黑豆或黃豆為主要原料，之后進行發酵而成。

不管是豆豉還是納豆，都是一種發酵食物，屬于同源食品。豆豉發酵的時候不需要加入菌種，是利用空氣中的細菌發酵而成，所以豆豉中含有許多細菌，其成分具有多樣性和不確定性。納豆的傳統做法是利用稻草上的枯草芽孢桿菌發酵，也有少量雜菌，所以傳統納豆比較臭，但相對細菌種類比較少。